Biologia del sottosuolo, - Tra i reperti di maggior pregio ed importanza scientifica vanno ricordati gli elementi di fauna troglobia provenienti da grotte di tutto il mondo come il noto anfibio urodelo Proteus anguinus o i pesci ciechi dei pozzi della Somalia, gli insetti e i crostacei cavernicoli della grotta Zinzulusa e della Cueva del Drach (I. di Maiorca).

Geologia - La sezione raccoglie numerosi tipi mineralogici e campioni di rocce sia raccolti in stazioni locali sia importati da giacimenti di tutto il pianeta. Una vetrina e dedicata interamente al fenomeno del carsismo con le più tipiche concrezioni di grotta, stalattiti, stalagmiti, pisoliti ed elictiti.

Paleontologia generale - La collezione di fossili e stata organizzata seguendo un criterio cronologico andando dai più antichi (Paleozoico) fino a quelli relativamente più recenti (Neozoico o Quaternario). Le vetrine espongono i tipi più rappresentativi delle varie ere geologiche e non mancano i trilobiti, le ammoniti, le rudiste ma anche protozoi, spugne, anellidi, molluschi e via via fino ai grandi mammiferi del Plio-Pleistocene: orsi delle caverne, pachidermi giganti ed elefanti nani, cervi, jene, ippopotami, rinoceronti. Una vetrina e stata dedicata ad alcuni fossili del Bacino Di Bolca (Verona).

Paleontologia umana - Dal Paleolitico al Neolitico, dall'Uomo di Neanderthal all'Homo sapiens moderno, le vetrine di questa interessante sezione raccontano la straordinaria evoluzione dell'uomo attraverso i rarissimi ed unici reperti fossili rinvenuti in grotte cultuali di Marina di Camerota (Salerno), nelle gravine pugliesi e nelle grotte preistoriche del Gargano, delle Murge e del Salento.